For at bestemme dets anvendelighed til påvisning af HCC vurderede vi HCCscreen-assayet hos de personer, der har en kendt diagnose af HCC eller er blevet udelukket (ikke-HCC). Vi opnåede 65 HCC-tilfælde og 70 ikke-HCC-sager fra AFP/US-positive/mistænkte personer. Denne HCC-positive eller HCC-negative status var baseret på dynamisk CT/MRI-billeddannelse og histologisk bekræftelse.

Disse 135 cases blev brugt som træningskohorte, og HCCscreen-resultaterne blev sammenlignet med den kliniske diagnose. For at bygge en klassificering, der integrerer forskellige typer biomarkører i assayet, kollapsede vi først de forskellige typer cfDNA-mutationer i en region af interesse (ROI) score for hvert gen eller lokus (se Metoder). ROI-scoren var en vægtet sum af de skadelige virkninger og frekvens for hver punktmutation inden for et ROI.