A HCC kimutatásában való hasznosságának meghatározásához megvizsgáltuk a HCC screen assay-t azoknál az egyéneknél, akiknél ismert a HCC diagnózisa, vagy akiket kizártak (nem HCC). 65 HCC esetet és 70 nem HCC esetet szereztünk be az AFP/USA pozitív/gyanús személyektől. Ez a HCC-pozitív vagy HCC-negatív állapot dinamikus CT/MRI képalkotáson és szövettani megerősítésen alapult.

Ezt a 135 esetet használtuk képzési kohorszként, és a HCCscreen eredményeit összehasonlították a klinikai diagnózissal. A különböző típusú biomarkereket a vizsgálatba integráló osztályozó felépítéséhez először összecsuktuk a különböző típusú cfDNS-mutációkat egy érdeklődésre számot tartó régióban (ROI) minden génnél vagy lókusznál (lásd Módszerek). A ROI-pontszám a ROI-n belüli egyes pontmutációk káros hatásainak és gyakoriságának súlyozott összege volt.