Para determinar sua utilidade na detecção de CHC, avaliamos o ensaio HCCscreen nos indivíduos com diagnóstico conhecido de CHC ou que foram excluídos (não CHC). Obtivemos 65 casos de CHC e 70 casos de não CHC de indivíduos AFP/US positivos/suspeitos. Este status positivo para CHC ou negativo para CHC foi baseado em imagens dinâmicas de TC/RM e confirmação histológica.

Esses 135 casos foram utilizados como coorte de treinamento, e os resultados do rastreamento do CHC foram comparados com o diagnóstico clínico. Para construir um classificador integrando diferentes tipos de biomarcadores no ensaio, primeiro colapsamos os diferentes tipos de mutações de cfDNA em uma pontuação de região de interesse (ROI) para cada gene ou locus (ver Métodos). A pontuação ROI foi uma soma ponderada dos efeitos prejudiciais e da frequência de cada mutação pontual dentro de uma ROI.