För att bestämma dess användbarhet vid upptäckt av HCC, bedömde vi HCCscreen-analysen hos individer som har en känd diagnos av HCC eller har uteslutits (icke-HCC). Vi fick 65 HCC-fall och 70 icke-HCC-fall från AFP/US-positiva/misstänkta individer. Denna HCC-positiva eller HCC-negativa status baserades på dynamisk CT/MRI-avbildning och histologisk bekräftelse.

Dessa 135 fall användes som träningskohort och HCCscreen-resultaten jämfördes med den kliniska diagnosen. För att bygga en klassificerare som integrerar olika typer av biomarkörer i analysen kollapsade vi först de olika typerna av cfDNA-mutationer till en region av intresse (ROI) poäng för varje gen eller lokus (se Metoder). ROI-poängen var en viktad summa av de skadliga effekterna och frekvensen för varje punktmutation inom en ROI.